“三分離一凈化”模式。“三分離”即“雨污分離、干濕分離、固液分離”，“一凈化”即“污水生物凈化、達標排放”。一是在畜禽舍與貯糞池之間設置排污管道排放污液，畜禽舍四周設置明溝排放雨水，實行“雨污分離”；二是豬場干清糞清理至圈外干糞貯糞池，實行“干濕分離”，然后再集中收集到防滲、防漏、防溢、防雨的貯糞場，或堆積發酵后直接用于農田施肥，或出售給有機肥廠；三是使用固液分離機和格柵、篩網等機械、物理的方法，實行“固液分離”，減輕污水處理壓力；四是污水通過沉淀、過濾，將有形物質再次分離，然后通過污水處理設備，進行高效生化處理，尾水再進入生態塘凈化后，達標排放。這種模式是控制糞污總量，實現糞污“減量化”最有效、最經濟的方法，適用于中小規模養殖戶。
生產有機肥料模式。好氧堆肥發酵是目前利用畜禽糞便生產有機肥的主要模式。畜禽糞便進入加工車間后，根據其含水率適當加入谷糠、碎農作物秸、干糞等有機物調節水分和碳氮比，增加通氣性，接入專用微生物菌種和酶制劑，以促進發酵過程正常進行。并配備專用設備，進行勻質、發酵、翻拋、干燥。對大型養殖場可自建有機肥廠，對養殖戶數多、規模小、密度大、消納地緊張的畜禽高密度養殖區，可建專門有機肥廠，將糞污統一收集、集中處理。
微生物發酵床模式。一是內置式發酵床養殖。主要用于發酵床養豬。選擇碎秸稈、鋸木屑、稻殼等通透性和吸水性較好的原料做墊料，墊料可反復利用3-5年；飼養密度根據個體大小、環境溫度確定，育肥豬一般2-4頭／m2為宜。二是外置式發酵床糞污降解。在畜禽舍外建造發酵床，用于畜禽糞污發酵降解。根據養殖規模確定床體大小，商品豬0.2-0.3頭／m2，寬度在4-6m、深度40-60cm。用稻殼、碎農作物秸稈加適量米糠做載體，每2-3天添加一次糞污，每天旋翻機旋翻2-4次載體。消納地緊張的中小規模養殖場（戶）均可采用該模式。
沼氣工程模式。將污水排入沼氣池中，通過厭氧菌發酵，降解糞污中顆粒狀的無機、有機物，產生的沼氣可作為能源用于發電、照明和燃料。沼渣和干糞可直接出售或用于生產有機復合肥；出水既可進入自然處理系統(氧化塘或土地處理系統等)，也可直接作肥料用于農田施肥。
“種養結合、農牧循環”模式。將畜禽糞便作為有機肥施于農田，生長的農作物產品及副產品作為畜禽飼料，這種“種養結合、農牧循環”模式，有利于種植業與養殖業有機結合，是實行畜禽糞便“資源化、生態化”利用的最佳模式。養殖場（戶）根據糞污產生情況，在周邊簽訂配套農田，實現畜禽養殖與農田種植直接對接。一是糞污直接還田。將畜禽糞污收集于貯糞池中堆漚發酵，于施肥季節作有機肥施于農田。二是“畜-沼-種”種養循環。通過沼氣工程對糞污進行厭氧發酵，沼氣作能源用于照明、發電，沼渣用于生產有機肥，沼液用于農田施肥。